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El SGR está integrado por ministerios y entes técnicos nacionales, destacando los siguientes:
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Comisión Rectora: Define la política general del sistema, evalúa la ejecución y dicta regulaciones administrativas. Está presidida por el DNP e integrada por los Ministerios de Hacienda y de Minas, gobernadores, alcaldes y congresistas invitados.
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DNP (Departamento Nacional de Planeación): Ejerce la Secretaría Técnica de la Comisión Rectora y de los OCAD Regionales. Administra el Banco de Proyectos de Inversión y calcula la distribución de los recursos.
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Ministerio de Hacienda y Crédito Público: Consolida, asigna, administra y gira los recursos a través del Sistema de Presupuesto y Giro de Regalías (SPGR).
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Ministerio de Minas y Energía (junto a la ANH y ANM): Encargados de formular la política sectorial, fiscalizar la explotación, realizar la liquidación, recaudo y transferencia de las regalías.
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Órganos Colegiados de Administración y Decisión (OCAD): Existen el OCAD Regional (responsable del 40% de la Asignación para la Inversión Regional), el OCAD de Ciencia, Tecnología e Innovación, y el OCAD Paz.
